Na administração Kassab, foram firmadas parcerias com o governo estadual para modernizar o sistema de coleta de esgoto e evitar o despejo de resíduos em córregos e galerias de águas pluviais.

Os Programas Córrego Limpo e Defesa das Águas beneficiaram mais de 1,6 milhão de pessoas e despoluíram uma área de 152 km2, em suas primeiras duas fases. A partir dessas ações, mil litros de esgoto por segundo deixaram de ser despejados nos cursos d’água da cidade e, consequentemente, nos Rios Pinheiros e Tietê e nas represas Billings e Guarapiranga.

Os programas funcionam de maneira articulada e com o objetivo de reverter a degradação de córregos e rios. Ambos são resultado de parceria entre a Prefeitura de São Paulo e o Governo do Estado e foram criados em 2007 com a meta de tratar 100 córregos da Capital.

A terceira etapa do programa começou em setembro de 2011 e despoluiu mais 50 córregos. Outros 780 litros de esgoto por segundo deixaram de ser lançados sem tratamento nos rios e represas de São Paulo.

As ações são desenvolvidas para modernizar os sistemas de coletas de esgoto e eliminar lançamentos clandestinos nos córregos e galerias de águas pluviais, além de melhorar os sistemas de envio de esgotos às estações de tratamento. A atuação da prefeitura também envolve manutenção das margens e leitos dos córregos e remoção de imóveis nos fundos de vale que impedem a passagem das tubulações de esgoto.

Com a mesma missão de proteger e preservar os recursos naturais da cidade, a Prefeitura de São Paulo ampliou, a partir de 2005, o Programa Mananciais. Criado em 1996 com a função de promover a recuperação sócio-ambiental de favelas e loteamentos precários na região da Represa de Guarapiranga, ele passou a atuar também em áreas da represa Billings.

Os principais objetivos do programa são recuperar e conservar a qualidade das águas dos reservatórios, melhorar a vida dos moradores locais e garantir a inclusão social da população. Entre as ações previstas estão a implantação de redes de água e coleta de esgoto, drenagem de águas pluviais e de córregos, coleta de lixo, eliminação de áreas de risco, reassentamento de famílias, educação ambiental e regularização fundiária.