O setor de Transportes trabalhou de forma integrada com o meio ambiente na gestão de Gilberto Kassab na Prefeitura de São Paulo. Na capital paulista, o transporte é responsável por quase 90% das emissões de poluentes na atmosfera.

Para reverter esse quadro, a gestão lançou o Programa Ecofrota,  para substituir gradativamente o uso de combustíveis fósseis por renováveis na frota de 15 mil ônibus paulistana. No final de 2012, eram mais de 1.200 coletivos que utilizavam algum tipo de combustível limpo, como etanol, diesel de cana-de-açúcar e B20 (adição de 20% de biodiesel ao diesel).

São Paulo também foi a primeira cidade do Brasil a contar com o serviço de táxis elétricos e híbridos. Em 2012, dez veículos elétricos e 20 híbridos passaram a integrar a frota no município.  Além do uso de energia limpa, uma vantagem da tecnologia elétrica é o custo reduzido na hora de abastecer o carro. Segundo estudos, o custo para abastecer com energia elétrica representa um quinto do valor da gasolina, por exemplo.

O Ecofrota reduziu em 14% as emissões dos poluentes dos ônibus no primeiro ano de sua implantação, entre fevereiro de 2011 e janeiro de 2012.  Conforme a Lei de Mudanças Climáticas, encaminhada à Câmara por Kassab e aprovada pelos vereadores em junho de 2009, todo o sistema de transporte público do município deverá operar com combustível renovável até 2018. Somente em 2011, a Prefeitura investiu R$ 47,6 milhões na ampliação da frota que utiliza combustíveis menos poluentes.

Entre 2009 e 2012, a gestão Kassab renovou quase a metade dos 200 trólebus que circulam em São Paulo e emitem zero poluente.  Até 2012, dos 15 mil ônibus da frota municipal, 13.280 (ou 88,5%) haviam sido renovados, proporcionando redução de emissão de poluentes e maior conforto aos passageiros.

Também na gestão Kassab, São Paulo ganhou, em 2012, os primeiros 20 táxis híbridos de um lote previsto para chegar a 116 automóveis. Equipados com tecnologia que combina dois motores, um elétrico e outro a combustão, eles lançam 40% menos poluentes no ar da cidade do que os modelos convencionais.